Jeg har et stort antall lokasjoner jeg vil undersøke manuelt med samtools tview . I stedet for å skrive eller kopiere-n-lime inn dusinvis av koordinater, håpet jeg å automatisere genereringen av pileup "bilder" (tekstfiler).
Med noen eksperimenter akkurat nå, var jeg glad for å lære at hvis Jeg spesifiserer visningsalternativet -d H eller -d T utgangen kan enkelt omdirigeres til en fil for senere inspeksjon. Det ser imidlertid ut til at jeg ikke kan kontrollere vinduet som er fanget. Endring av bredden på terminalvinduet endrer ikke utdataene, og heller ikke justering av -p -flagget (dvs. -p chr1: 501-700 ). Uansett hva, tview rapporterer alltid et 80bp-vindu i tekst- eller HTML-modus.
Er det noen måte jeg kan justere dette på?