Spørsmål:
Hvor kan jeg finne en database som har fenotypeinformasjon sammen med tilhørende SNP?
Haohan Wang
2017-07-09 08:06:16 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jeg har søkt lenge og lengst har jeg en database med funksjonsbeskrivelsen for gener. Deretter må jeg analysere disse beskrivelsene manuelt for å finne ut tilknytningen. Dessuten er det ikke noen funksjonelle beskrivelser for noen arter.

Jeg trenger denne informasjonen for mus, ris og Arabidopsis Thaliana. Kan noen hjelpe meg?

Hva begynner du med? Har du en liste over fenotyper du vil matche SNP eller en liste over SNP som passer til fenotyper? Eller har du ingen av dem og trenger å finne begge deler?
@terdon Jeg har både SNP og fenotyper. Jeg vil vite sammenhengen mellom dem. Imidlertid vil jeg ikke gjøre dette med GWAS, fordi jeg må gå inn i våtlaboratorium for å verifisere disse funnene uansett. Jeg lurer på om det allerede er en database med verifiserte assosiasjoner med våte laboratorier.
Tre svar:
Kamil S Jaron
2017-07-10 21:25:32 UTC
view on stackexchange narkive permalink

International Mouse Phenotyping Consortium bygger en database med fenotyper og knock-outs av mus. Jeg tror at denne databasen vil være ganske komplett (20000 knock-outs), men dette er knock-outs, ikke SNPs ... Det er flere GWAS-studier fra mus, men jeg er ikke klar over en database som ville trekke alle resultatene sammen .

Arabidopsis store GWAS-prosjekt heter 1001 genomprosjekt. Mye mer informasjon om Arabidopsis fra individuelle eksperimenter blir samlet inn og vedlikeholdt av Arabidopsis Information Resource, men denne ressursen er abonnementsbasert, og derfor er det du kanskje ikke tilgjengelig gratis .

Som nevnt ble SNPs av ris identifisert og knyttet til forskjellige risgrupper i The 3000 rice genomes project. Det er også GWAS gjort på 512 individer, ikke sikker på om det er tilstrekkelig for pålitelige konklusjoner (selv de hevder at de fant oververdige lenker).

Er det det du lette etter ?

l0o0
2017-07-10 11:56:52 UTC
view on stackexchange narkive permalink

For noen dager siden prøvde jeg å finne noen GWAS datasett å laste ned. Jeg håper dette nettstedet for 3000 ris vil hjelpe: http://snp-seek.irri.org/. Du kan klikke Genotype på indeksiden for "Query for SNPs from the 3000 genom genom project".

OPPDATERING: Ved hjelp av brukerhåndboken kan jeg få IRIS ID fra Genotype. I følge dette papiret kan iris id knytte seg til noe fenotypeinformasjon. Men nettstedet til IRIS er under vedlikehold, jeg kan ikke få mer informasjon om fenotype.

men det er ikke knyttet til fenotype, nei? Da jeg sjekket at de bare assosierte, er det forskjellige populasjoner ...
Hei l0o0, takk for svaret og velkommen til Bioinformatics Stack Exchange. Jeg har redigert svaret ditt for å forbedre grammatikken litt; Hvis du kan gi mer informasjon om snp-seek (f.eks. om det hjelper å finne assosiasjoner med fenotyper eller ikke), kan du redigere svaret og legge til det i.
ithinkiam
2017-07-11 14:10:06 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Har du sett på Ensembl? I det minste for mus, har de ganske rike data for SNP-er, f.eks. http://www.ensembl.org/Mus_musculus/Variation/Explore?db=core;r=2:3225281-3226281;v=rs27096498;vdb= variant; vf = 802773

Antar at du har kjent dbSNP-ID (eller 'rs' -nummer) for SNP-ene dine. Hvis ikke, kan du bruke VEP-verktøyet til å kommentere dem: http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools/VEP?db=core

VEP er også tilgjengelig for ris og arabidopsis: http://plants.ensembl.org/Oryza_sativa/Tools/VEP?db=core

Vi har også variasjons- og fenotypedata for arabidopsis i Ensembl. Variasjonsdataene er fra 1001-prosjektet, og vi tok fenotypedataene fra Atwell et al., 2007 (http://europepmc.org/abstract/MED/20336072)


ⓘ
Denne spørsmålet ble automatisk oversatt fra engelsk.Det opprinnelige innholdet er tilgjengelig på stackexchange, som vi takker for cc by-sa 3.0-lisensen den distribueres under.
Loading...