TW93
2018-02-01 23:05:44 UTC
Er det et eksisterende verktøy som vil rydde opp nummereringen av en PDB-fil?
For det første vil jeg nummerere restene på innsatsene for å gjøre icoden til en faktisk rest i kjeden (med det mener jeg at det er sitt eget nummer, og forskyver alt etter det, slik at 45A blir 46).
For det andre vil jeg også nummerere på nytt slik at hver rest er etter hverandre, ettersom det er hopp i nummereringen, til tross for at de to restene er fysisk ved siden av hverandre.
Jeg kunne gjøre dette internt med et python-skript, men jeg trodde jeg ville spørre spesifikt om det finnes et bibliotek eller et eksisterende verktøy?
Verste fall jeg har funnet dette Perl-skriptet som gjør lignende.
Takk.
"gjør icoden til en faktisk rest i kjeden" - noe er forvirret her. Innsettingskode er en del av rest-ID, sammen med sekvensnummeret.
@marcin Ja beklager du har rett, men for eksempel når du bruker biopython PDB til FASTA-parser, blir den ikke gjenkjent, og kjeden blir avkortet derfra. Så enten må jeg ignorere det (slik jeg er for øyeblikket) eller endre det fra 1, 2, 3, 3A, 4 til 1, 2, 3, 4, 5.
@TW93 Du vil nesten helt sikkert enten ignorere dem, eller håndtere dem hver for seg. De * representerer vanligvis forskjellige villtyper / isoformer. F.eks. det samme proteinet innen forskjellige arter som inneholder noen mindre sekvensvekslinger! Hvis du inkluderer samme rest to ganger eller mer, vil det åpenbart føre til steriske sammenstøt og ødelegge beregningene du kjører!
Jeg tror det er en forveksling her mellom innføringskode og alternativ posisjons-ID. Innsettingskoder tillater enhetlig nummerering mellom proteiner med litt forskjellige sekvenser, men alt med en unik rest-ID (restnummer og innføringskode) er en egen rest i kjeden og kan ikke ignoreres. Spørsmålet fra OP er derfor gyldig. Du vil ikke ha flere rester med samme rest-ID, men forskjellige alternative sted-IDer nummerert, men det var ikke spørsmålet.