Gitt WGS-data eller RNA-seq-data, hvilke verktøy kan jeg bruke til å oppdage genfusjoner?
Gitt WGS-data eller RNA-seq-data, hvilke verktøy kan jeg bruke til å oppdage genfusjoner?
De fleste av disse bruker RNA-seq-data, noen bruker WGS-data, og noen bruker begge deler. De er oppført alfabetisk. Jeg vil legge til listen når jeg oppdager mer.
Andre nyttige programmer:
Chimeraviz (visualiseringsverktøy for genfusjoner): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28525538 (ansvarsfraskrivelse: Jeg opprettet dette)
Chimera: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4253834/
OncoFuse: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/29/20/2539.long
FuMa: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2015/12/09/bioinformatics.btv721.abstract
1- Chimerascan + Star
2- Tophat Fusion
To rørledninger jeg har brukt mye og anbefaler. De andre som er oppført av @ L42 kan jeg ikke snakke med, men Star Fusion høres lovende ut. Star er rask.