Laura
2019-04-09 16:50:23 UTC
Mitt arbeid innebærer å søke etter markørgener / fragmenter i metagenomiske databaser (som Sequence Read Archive). Når jeg har funnet disse sekvensene, vil jeg gjerne vite mer om den nærliggende genomiske regionen.
Er det en måte jeg bare kunne sette sammen sekvenser som lager en contig som inneholder regionen min av interesse? Contigs som ikke inneholder denne regionen er ikke nyttig for meg. Min interesseorganisme kan representere et mindretall av metagenomenet, og å samle alt i datasettet vil bruke mye datakraft.
Godt spørsmål! Jeg vet at noen av montørene for mtDNA jobber med dette prinsippet - å søke etter lesekartlegging til et konservert mt-gen og deretter utvide sekvensen, kanskje du kan tilpasse et av disse verktøyene.