Jeg klarte til slutt å gjøre det i R. Her er koden min:

  install.packages ('devtools') bibliotek (devtools) install_github ('santiagosnchez / rBt') bibliotek (rBt) beast_output <- read.annot.beast ('beast_output .trees ') beast_output_rooted <- root.multiPhylo (beast_output, c (' taxon_A ',' taxon_B ')) unique_topologies <- unique.multiPhylo (beast_output_rooted) count <- function (item, list) i total = 0 1: lengde (liste)) {if (all.equal.phylo (item, list [[i]], use.edge.length = FALSE)) {total = total + 1}} return (total)} result <- data.frame (unik_topologi = rep (0, lengde (unike_topologier)), count = rep (0, lengde (unike_topologier))) for (i i 1: lengde (unike_topologier)) {resultat [i,] <- c (i , count (unike_topologier [[i]], beast_output_rooted))} resultat  $ prosent <- ((resultat $  count / length (beast_output_rooted)) * 100)  

Du trenger en konsensus fylogeni.

Dette er tilgjengelig i RAxML, PAUP, den gamle Phylip-pakken og muligens statistikk-følgesvenn til Beast, Tracer. Jeg må grave opp koden for RAxML og PAUP. Det enkleste er Consense her fordi du bare laster det ned og skriver inn sekvensen. MERK at de muligens er en formatforskjell (RAxML og Consense bruker Phylip-format), jeg mistenker at du har nexus- eller Newick-format.

Beast har sannsynligvis sin egen konsensusformering ELLER Beast-følgesvennen "Tracer" kan ha dette (jeg kan ikke huske). Tracer er her og ville være kult hvis det gjorde konsensus fylogeni fordi det ikke vil være noen konverteringsproblemer (det bruker ikke Phylip-format). Alternativet er å bruke PAUP (ingen konverteringsproblemer), som for tiden er i en tilstand av flyt fra forskjellige stadier av freeware og oppdateringer. PAUP er inneholdt i Genious-pakken, som er tilgjengelig som 1 måneders gratisvare.

Ta en titt og gi meg beskjed: for hvis du vil bruke RAxML eller Consense, må du sannsynligvis minne meg av Beast-utdata, hvis det er det jeg tror det er et format konverterings-app er nødvendig. Beregningen er enkel, det er enkelt å skripte et konverteringsprogram, men jeg tror treforming vil være et problem.

Du kan bruke Ape, innenfor R, men som du har samlet, er det mange andre løsninger. Det er nyere, imponerende løsninger som frittstående som jeg ikke har brukt ennå.