einonm
2017-06-07 10:25:27 UTC
Jeg bruker flere datasett som er kodet ved hjelp av Entrez- eller Ensembl-ID-er for å spesifisere gener, og må bestemme meg for hvilken jeg vil standardisere på.
Er det noen store grunner til å bruke hverandre ?
Hvilke verktøy og konverteringstabeller er best å bruke til dette?
Det kan være nyttig å spesifisere noe mer om din spesielle brukssak. Jeg har ikke svar på spørsmålet ditt, men det er mulig at fordelene og ulempene med de to databasene er forskjellige, avhengig av hva du prøver å gjøre.
Det er en diskusjon om Biostar i samme emne. https://www.biostars.org/p/16505/
Hei einonm, takk for spørsmålet ditt, og velkommen til Bioinformatics Stack Exchange. Bioinformatikk er et stort fagområde med et stort utvalg av verktøy og databaser, mange som har nesten samme formål, men er designet for å angripe et bestemt problem. Som @roblanf har påpekt, vil det være nyttig hvis du kan legge til litt mer historie / kontekst i spørsmålet ditt slik at samfunnet bedre kan forstå problemet. Et mer spesifikt spørsmål betyr at sjansen for et godt, relevant svar økes.
Det handler ikke bare om hvilke ID-er du skal bruke, men om hvilke genmodeller du skal bruke. Selv om et Ensembl-gen har en kryssreferanse til et Entrez-gen, er det bare fordi Ensembl xref-rørledningen har bestemt at de er _likt nok_.