Hvis du ikke har noe imot litt manuell telling, vil samtools mpileup -f reference.fa -r chr22: 425236-425236 alignments.bam produsere output der du kan telle basene for den stillingen. Du kan selvfølgelig bruke kommandolinjen for å gjøre det meste av det automatisk:

  samtools mpileup -f reference.fa -r chr22: 425236-425236 alignments.bam | kutt -f 5 | tr '[a-z]' '[A-Z]' | brett -w 1 | sorter | uniq -c  

Det vil gi deg en opptelling av hvor mange av hver base som ble sett.

ASCIIGenome (jeg er forfatter) har en kommando, filterVariantReads, designet for å inspisere leser med en variant i en posisjon eller rekkevidde. Det vil gå langs disse linjene:

  ASCIIGenome -fa genom.fa aln.bam  

Gå deretter til regionen av interesse og bruk:

  goto chr9: 4917981-4918161filterVariantReads -r 4918011  

Fra dette:

Du får:

Du kan også skrive ut på skjermen eller lagre for å arkivere de underliggende sam-postene med:

  skriv ut > reads.sam  

For flere regioner kan hele prosessen skriptes for automatisering.

Håper dette hjelper!

Variantrekorden i VCF produsert av GATK bør inneholde informasjon om dybde - både total lesedybde (DP) og allel dybde (AD), dvs. dybde per allel.

Husk imidlertid at den som ringer tar sin beslutning basert på mer enn bare allel dybde. Det er noen ekstra statistikker involvert, inkludert kvaliteten på de enkelte basene. Også, hvis det ble brukt filtrering, kan varianten din ha blitt ekskludert på grunn av annen statistikk, for eksempel hvis det er bevis på streng bias - for eksempel hvis alle lesningene som støtter varianten din er i samme retning, er det en klassisk rød flagg som antyder at det er en gjenstand.