ShanZhengYang
2018-01-28 04:01:25 UTC
Normalt vil jeg bruke vcf2maf -skriptene til å konvertere en VCF til en MAF (eller omvendt).
Dette er flott programvare, men på systemet mitt er perl-skript med avhengigheter er lett å bryte. (Her bruker den VEP.)
Er det noen andre alternativer til dette?
Hva mener du med dette: “På systemet mitt er perl-skript med avhengigheter enkle å bryte”?
@KonradRudolph Etter min erfaring er perl + bioinformatikkavhengighet et mareritt. Systemadministratoren vår beholder +12 versjoner av perl for å håndtere dette. (Jeg vil ikke starte kamper med noen perlverter, men det er slitsomt i motsetning til R / Python.)
Interessant, jeg er ikke sikker på at jeg forstår hvorfor. I alle fall har R definitivt det samme, eller verre, problemet: det kan i utgangspunktet ikke håndtere flere pakkeversjoner (i motsetning til Python).
@KonradRudolph Jeg er enig i den vurderingen. Du er velkommen til å diskutere dette med teamet mitt.