Spørsmål:
Hva er et malbytteside?
gc5
2018-04-07 00:07:18 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Lesing av Islam et al. (2011):

Fra hvert transkripsjon oppnås en enkelt lesing, tilsvarende et malbyttersted som fortrinnsvis ligger ved 59-enden av mRNA.

Ved å lese denne siden tror jeg at et malbytteside er et ekstra sett med nukleotider lagt til i 3'-enden av det nylig syntetiserte cDNA, som tjener til å forankre et oligo-nukleotid som brukes av det transkriptase for å syntetisere den andre cDNA-strengen. Det kalles malveksling fordi revers transkriptase bytter streng når den når dette settet med nukleotider.

Er det riktig?

  1. Islam, S. et al. Karakterisering av transkripsjonslandskapet med en celle med høypultipleks RNA-seq. genomet.cshlp.org21, 1160–1167 (2011).
En svar:
plat
2018-04-10 17:17:02 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Fra siden du siterte:

Under første streng-syntese, når den når 5'-enden av RNA-malen, er den terminale transferaseaktiviteten til MMLV revers transkriptase legger til noen ekstra nukleotid

Som vanligvis er CCC (første er nesten alltid C og de to andre mesteparten av tiden), se: Zajac et al., 2013

Disse CCC-ene brukes til å starte malmalingen Oligo (TSO), som har GGG og hva du vil legge til sekvensen (for eksempel UMI og adaptere).

Så når du svarer på spørsmålet ditt, skifter polimerase ikke strenger , det bytter fra mRNA som mal til TSO som mal . På grunn av dette kalles malbytte.

enter image description here

Du kan se det i grafen fra siden du siterte. I malbryterstrinnet skifter polimerase fra mRNA til TSO og fortsetter med syntesen av den første cDNA-strengen ved bruk av TSO som mal.



Denne spørsmålet ble automatisk oversatt fra engelsk.Det opprinnelige innholdet er tilgjengelig på stackexchange, som vi takker for cc by-sa 3.0-lisensen den distribueres under.
Loading...