Jeg er ikke sikker på at jeg bygger den riktige designformelen for spørsmålet jeg vil svare på

Jeg har følgende eksempler med tre faktorer; klon, strukturen og tilstanden.

  klonstruktur diabetiker1 07 2D Dia2 21 2D Ctrl3 23 2D Dia4 32 2D Ctrl5 34 2D Dia6 43 2D Ctrl7 07 3D Dia8 21 3D Ctrl9 23 3D Dia10 32 3D Ctrl11 34 3D Dia12 43 3D Ctrl  

Jeg vil trekke de differensielt uttrykte genene for struktur (2D vs 3D) blokkering av klon, og den som er differensialt uttrykt etter tilstand (uavhengig av strukturvariabel ).

Jeg er ikke sikker på hvordan jeg skal bygge designet i en samtale, derfor har jeg produsert det første objektet som trekker 2D vs 3D-blokkering ved å klone ved hjelp av følgende.

  des_structure <- DESeqDataSetFromHTSeqCount (sampleTable = samples, directory = "../data/htseq_geneCounts/", design = ~ clone + structure)  

for tilstanden kontrollert av str ucture jeg har brukt

  des_condidtion <- ddsHTSeq_diabetic <- DESeqDataSetFromHTSeqCount (sampleTable = samples, directory = "../data/htseq_geneCounts/", design = ~ struktur + diabetisk)  
 Jeg er ikke sikker på om dette er den beste måten å bygge designene på.