Hjelper noen av svarene på dette spørsmålet? Karel Brinda har nevnt noen lesesimulatorer i svaret på det spørsmålet, og har en avhandling med mer informasjon.

Ekskludering av INDEL-feil gjør ikke høres ut som en god idé; lengden kan fortsatt bevares, selv om du gjør det, trenger den bare en justering på slutten av sekvensen. Vær oppmerksom på at hvis du prøver å modellere nanoporelesninger, er det du virkelig modellerer basen som ringer, snarere enn sequenceren. Jeg nevner dette mer detaljert i mitt svar.

I de fleste tilfeller der feil er modellert, synes jeg det er bedre å bruke offentlig tilgjengelige data i stedet. Spesielt for nanoporedata er det umodellerte systematiske feil i basesamtaler og sequencer som ikke kan simuleres ved hjelp av noen programmer (fordi de ikke er modellerte). Følgende papir ville være et godt sted å starte for cDNA-sekvenser, som ser på enkeltcelledata fra mus (C57Bl / 6) B1a-celler:

http://www.biorxiv.org / content / early / 2017/04/13/126847

Illumina og ONT leser for den studien finner du i SRA under tiltredelsesnummer SRP082530.

Jeg vet ikke om noen nylig D. melanogaster studier som er gjort med nanopore. Det er alltid muligheten til å bruke $ 1000 på et kjøp av en MinION med et RNA-startpakke for å gjøre studien selv. Her er en eldre målrettet genstudie, men husk at den brukte en R7.3-strømningscelle, så feilraten vil være mye høyere enn det som er tilgjengelig for øyeblikket:

https: // genomebiologi .biomedcentral.com / articles / 10.1186 / s13059-015-0777-z

Dette fortrykket bruker pbsim for å simulere ONT RNA-seq-lesninger for fruktflue. Det er sannsynligvis verdt å lese hvis du vil gjøre det samme.

Du bør inkludere INDEL-feil. Det er det som gjør RNA-seq-justering utfordrende. For referansemålet øker ikke kompliseringen i det hele tatt å legge til INDEL-er. Du kan analysere skjøtkryss på referansen fra CIGAR og sammenligne dem med kommentaren. Du trenger ikke å bekymre deg for basenivåjusteringen.

I tillegg er det offentlige reelle ONT-data (AC: SRP082530) for SIRV-innfelling kontroll og mus B-celler. Du trenger faktisk ikke simulering.

PS: la bare merke til at du er forfatter av det første fortrykket jeg siterte. Jeg vil bruke reelle data for evaluering.

Det høres ut som det du virkelig ser etter er en lesesimulator. Et kortvarig søk viser NanoSim, som er designet for å simulere lesninger fra en MinION. Dette har fordelen av i det minste å ha blitt brukt i noe av den publiserte litteraturen, noe som alltid er et fint tegn.

Du kan også finne denne gjennomgangsartikkelen på lesesimulatorer nyttige. Det nevner ikke spesifikt NanoSim, men det bør vise seg å være en nyttig gjennomgang av de generelle begrepene uansett hvis du trenger å lese om dem.

Den kjørbare fastq-sim i DNemulator -pakken er i stand til å endre et sett inngangssekvenser i fasta -format i henhold til et eksternt sett med kvalitetspoeng rapportert i en fastq -fil.