Nøkkelfunksjonen er call_broadpeaks :

Beskrivelsen som er knyttet til funksjonen sier:

Denne funksjonen prøv å finne berikede regioner der poengene er kontinuerlig høyere enn en gitt cutoff for nivå 1, og koble dem ved å bruke gapet over nivå 2 cutoff med en maksimal lengde på lvl2_max_gap.

scoring_function_s: symboler for funksjoner til beregne poengsum. 'p' for pscore, 'q' for qscore, 'f' for foldendring, 's' for subtraksjon. for eksempel: ['p', 'q']

lvl1_cutoff_s: liste over cutoffs i høyt berikede regioner, tilsvarende scoringsfunksjoner.

lvl2_cutoff_s: liste over cutoffs i mindre berikede regioner , tilsvarer poengfunksjoner.

min_lengde: minimum topplengde, standard 200.

lvl1_max_gap: maksimal gap for å slå sammen berikede topper i nærheten, standard 50.

lvl2_max_gap : maksimal lengde på koblingsregioner, standard 400.

Returner både det generelle PeakIO-objektet for høyt berikede regioner og gapped brede regioner i BroadPeakIO.

For å gi noen grunnleggende forklaringer, algoritmen (kort) ser ut til å være som følger:

1. To separate nivåer av topper kalles, nivå 1 (en høyere pval, dvs. mer signifikant) og nivå 2 (en lavere pval ). Nivå 1 styres av -p og nivå 2 styres av - broad-cutoff . Når hvert toppsett kalles, blir de umiddelbart koblet av parameteren maks gap for hvert sett.

2. Deretter antar vi at alle nivå 1-toppene skal være innenfor nivå 2-toppene (dette er en eksplisitt antagelse fra MACS2), grupperer algoritmen nivå 1 topper innenfor nivå 2 topper for å sende ut en bred topp.

...

Dette har noen få implikasjoner:

1. De brede peak-samtalene kommer virkelig fra nivå 2-toppene alene (+ linking). Nivå 1-toppsamtalene lar deg skille mellom topper (slik at du kan ha gappede topper).

2. Bortsett fra koblingen, vil de brede peak-samtalene være de samme som smale peak-samtaler, hvis du ringte begge med samme pval-terskel (for eksempel hvis du angir - bred-cutoff 0,1 i bred toppmodus, og -p 0.1 for smal toppmodus)