Spørsmål:
Hvordan velge en strøm for et skalafritt topologinettverk
llrs
2017-05-22 20:02:28 UTC
view on stackexchange narkive permalink

I en vektet genanalyse-nettverksanalyse (ved bruk av WGCNA) anbefales myktterskeleffekten som støyfiltrering. Den består i å heve korrelasjonen til et visst antall. For å bestemme denne makten estimeres den skalafrie topologien for noen krefter. Funksjonen for å estimere dette skrives ut: 

  Power SFT.R.sq helling avkortet.R.sq mean.k. median.k. max.k.1 1 0.9300 3.110 0.996 2960.0 3060.0 39702 2 0.7510 1.010 0.964 1750.0 1780.0 29003 3 0.1730 0.258 0.806 1170.0 1150.0 22804 4 0.0942 -0.183 0.713 833.0 782.0 18705 5 0.3800 -0.463 0.777 623.0 559.0 1506.6 7 0,6270 -0,797 0,872 381,0 312,0 11908 8 0,6870 -0,910 0,900 307,0 241,0 10509 9 0,77270 -1,000 0,918 252,0 189,0 93610 10 0,7490 -1,080 0,928 210,0 150,0 84111 12 0,7850 -1,190 0,948 150,0 98,0 69312 14 0,8090 -1,280 0,958 -1.360 0,968 84,0 45,6 49714 18 0,8410 -1,410 0,973 65,2 32,1 42915 20 0,8490 -1,450 0,977 51,6 23,0 375

Anbefalingen s i FAQ indikerer at en SFT.R.sq-verdi bør være over

0,8 for rimelige krefter (mindre enn 15 for usignerte eller signerte hybridnettverk, og mindre enn 30 for signerte nettverk)

og gjennomsnittlig tilkobling under hundrevis.

Andre har brukt kraften akkurat som støyfiltrering uten å bry seg mye om den skalafrie topologien. passe. Jeg ville velge den første kraften selv om den gjennomsnittlige tilkoblingen er i størrelsesorden tusenvis fordi den skalafrie topologipassformen er ganske høy, men skråningen forvirrer meg.

Hvordan skal den myke terskeleffekten være valgt?

Basert på et eksempel på spørsmål

En svar:
gringer
2017-06-08 20:27:39 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Jeg ville være bekymret for inngangsdataene som produserte disse tallene. Dette datasettet har en virkelig merkelig form med en dukkert i starten: 

  data.df <- read.table ("soft_threshold.txt", header = TRUE); png ("skala-fri) -194.png "); plot (data.df $ SFT.R.sq); dummy <- dev.off ();

scale-free power with an odd inflection

Slik forventer jeg at dette ser ut (fra tilleggsinformasjonen i dette papiret):

normal scale-free topology

Det er lettere å velge effekt / terskel når plottet ser ut som den andre situasjonen. Med dataene som presentert, ser det ikke ut til at noen verdi vil være passende. men hvis jeg ble tvunget til å velge, ville jeg velge 12 fordi det er det første tallet over den magiske terskelen (ignorerer rart i starten). Imidlertid vil jeg innrømme at jeg ikke forstår begrepene bak kraften, og bare følger de anbefalte instruksjonene, så kan ikke forklare hvorfor det er hva det er.

Ja, jeg er klar over denne særegenheten, jeg tror det skyldes en feil i WGCNA-pakken når pickSoftThreshold ikke bruker uttrykksdata. Jeg burde sannsynligvis ha valgt mer typiske data. Men bare ved å kutte på visse terskler, blir det utenfor betraktningen om den gjennomsnittlige tilkoblingsdelen. (Det ser også ut til å behandle det samme at helling av kraften = 1 er positiv og de andre blir negative)


ⓘ
Denne spørsmålet ble automatisk oversatt fra engelsk.Det opprinnelige innholdet er tilgjengelig på stackexchange, som vi takker for cc by-sa 3.0-lisensen den distribueres under.
Loading...